Согласно «Стратегии развития 2011-2020 годы» АОО «Назарбаев Интеллектуальные школы», система воспитательной работы Интеллектуальных школ, направлена на формирование казахстанского патриотизма, гражданской ответственности, воспитание самостоятельной, высоконравственной личности, преданной и заботливой, для работы на благо Республики Казахстан, мира в целом.
Основными задачами воспитательной работы Интеллектуальных школ является формирование у учащихся понимания и применения нравственных, общечеловеческих и национальных ценностей (честь, достоинство, порядочность, уважение), ответственности за свои поступки и действия, постоянного осмысления жизни, потребности и умений выслушивать и учитывать свое мнение и связывать с мнениями других людей.
Для улучшения местного сообщества вовлекать учащихся в социальные проекты, погружать в ситуации эмоционального сопереживания людям, казахстанского общества и мира. Развивать исследовательско-творческую деятельность учащихся, как способ развития и построения академической траектории обучения.
Основными направлениями воспитательной работы Назарбаев Интеллектуальных школ являются:
патриотическое воспитание;
интеллектуальное развитие;
нравственное воспитание;
физическое и психическое развитие;
поликультурное развитие;
художественно-эстетическое развитие;
развитие лидерских качеств.
Для творческого, физического и интеллектуального развития учащимся предлагаются кружки и занятия по интересам (спортивные, художественные, интеллектуальные, технические). Кроме того, предусмотрен ряд внешкольных и элективных курсов в стране и за рубежом на базе лучших образовательных, научно-исследовательских организаций естественно-математического направления. Особое значение в реализации воспитательной работы Интеллектуальных школ имеют социальные проекты и практики.
Учащиеся реализуют свое разносторонне развитие и творческий потенциал через школьное сообщество «Шаңырақ», краеведческо-исследовательские экспедиции «Туған елге тағзым», «100 книг, рекомендованные для чтения учащимся Интеллектуальных школ», «2 недели в ауле», «10 дней на предприятий у родителя», «TEDx», «Wikipedia», «Служение обществу», «Қазақ әндері» и др.